Este artigo diz respeito à aplicação de métodos quantitativos de apoio à decisão. A Leishmaniose cutânea (LC) é endêmica nas Américas. O Brasil e seis países em desenvolvimento concentram 90% dos casos. No Brasil, o antimoniato de meglumina (AM) é utilizado como fármaco de primeira linha para o tratamento da LC. Estudos comparativos anteriores sobre os tratamentos da LC com dose alta e dose baixa de AM não foram conclusivos. Um ensaio clínico de equivalência entre esses tratamentos é desenvolvido no Laboratório de Vigilância em Leishmanioses do INI (Lab-Vigileish) para o monitoramento preciso dos seus resultados. O objetivo deste artigo é incorporar a dimensão organizacional e a Análise Envoltória de Dados (DEA) à Análise Custo-Efetividade dessa inovação no tratamento em saúde. Analisando o tratamento de cada paciente do ensaio e o seu benchmark na fronteira eficiente calculada pelo Modelo DEA, foi observado que, nesta fronteira, havia mais pacientes do tratamento com dose baixa de AM do que pacientes do tratamento com dose alta. Com base nessa evidência, o esquema de tratamento com dose baixa mostrou-se mais eficiente. A conclusão é de que a análise de eficiência oferece um referencial conceitual elucidativo e um método quantitativo apropriado para avaliar a inovação na organização pública multipropósito de saúde.